Svrha interne revizije korisnika javnih sredstava je da pruži nezavisno, objektivno uveravanje i savetodavne usluge osmišljene da dodaju vrednosti i unaprede poslovanje korisnika javnih sredstava. Misija interne revizije je da unapredi i zaštiti vrednosti korisnika javnih sredstava putem obezbeđenja objektivnog uveravanja zasnovanog na riziku, kao i saveta i uvida. Interna revizija pomaže korisniku javnih sredstava da ostvari svoje ciljeve kroz sistematičan, disciplinovan pristup u proceni i poboljšanju efektivnosti upravljanja rizicima, kontrola i upravljanja organizacijom.

EMS je prvo javno preduzeće u Republici Srbiji koje je uspostavilo funkciju interne revizije. Od 2008. godine interna revizija EMS ima funkcionalnu i organizacionu nezavisnost. Interna revizija u EMS AD se obavlja u skladu sa propisima kojima se uređuje interna revizija u javnom sektoru Republike Srbije i Međunarodnim standardima interne revizije. Internu regulativu, kojom je regulisan rad interne revizije EMS AD, čine:

Povelja interne revizije
Etički kodeks
Priručnik za rad interne revizije.

Interna revizija EMS AD pomaže u postizanju ciljeva Društva primenjujući sistematičan i disciplinovan pristup u ocenjivanju sistema finansijskog upravljanja i kontrole u odnosu na:

identifikovanje rizika, procenu rizika i upravljanje rizikom od strane rukovodioca svih nivoa
usklađenost poslovanja sa zakonima, internim aktima i ugovorima
pouzdanost i potpunost finansijskih i drugih informacija
efikasnost, efektivnost i ekonomičnost poslovanja
zaštitu sredstava i podataka (informacija)
izvršenje zadataka i postizanje ciljeva.

Preporuke interne revizije se uvažavaju, a poboljšanja primenjuju u svakodnevnom radu.